由于我国基金发展的相对落后，这种基金组织形式还存在管理人、投资人力量不平衡、托管人对管理人的监管不完善、对持有人利益的保护也没有健全的制度等等缺陷。

1、管理人与投资人的力量不平衡

在契约型基金中，基金管理人的权限非常大，凡是基金买卖的重大投资决策均由基金管理人一手包揽。现行法规中对契约型基金管理人的决策权限及操作行为缺乏明确的规范和约束，投资者的收益高低只能听天由命，任凭基金管理人的良心办事。持有人无法行使选择管理人、托管人及其他方面的权力，持有人实际上处于缺位状态。

2、保护持有人利益的机构与方式不健全

在我国目前的契约型基金运作之中，如何选择切实维护持有人利益的管理人和托管人是一个悬而未决的问题。在强大的管理人面前，分散持有人的发言权得不到充分保护。基金契约以不平等的格式合同，赋予管理人太大的操作空间，无法形成对管理人的制约。

3、托管人对管理人的监督不完善

暂行办法规定基金管理公司有权决定基金托管人的选任，并且经中国证监会和中国人民银行批准后，有权撤换基金托管人。换言之，基金管理人往往决定基金托管人的去留，托管人的地位缺乏独立性必然导致其监督的软弱性。

总之，契约型基金的“三权制衡”作用相对较弱，问题的关键是能够真正代表基金投资者利益的完善的基金治理结构在契约型基金中难以得到真正的体现。

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